許多人到市面上隨便買耳藥水來滴是不正確的，有的耳藥是是殺菌的，用來治療細菌或酵母菌的感染，這對耳疥蟲沒有效力。耳疥蟲要使用含有殺蟲劑的耳藥水才會有效。
目前有治療耳疥蟲有效的注射藥物，每週治療一次，注射以後耳疥蟲吸食到動物的淋巴液會死亡，但是蟲體所產生的卵還會繼續孵化，一般生活週期是三週，所以需要每週治療一次，連續3-4次，直到所有孵化出來蟲體都死亡為止，才能根本治療。
此外因為耳疥蟲寄生在寵物的全身包括腳和尾巴，所以這些區域也要一併治療，市面上常見的除蚤、除壁蝨的噴劑或洗澡精，如果含有除蟲菊的成分都可以使用。
由於耳疥蟲的傳染力很強，一旦發現家中有寵物感染，家中所有的寵物都要一併治療，不然此起彼落，永遠治療不完。
耳疥蟲離開寵物的身體以後，不能存活太久，所以室內及院子不需要格外消毒處理。